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nanoporetech 使用納米孔測序技術的微生物學

 更新時間:2021-02-08 點擊量:1086

 

 nanoporetech 使用納米孔測序技術的微生物學

完整的細菌,真菌和病毒(DNA或RNA)基因組,可進行長時間的納米孔測序。通過快速的病原體檢測方法(無論是在實驗室還是在野外),從環(huán)境或單一生物樣品中鑒定并鑒定微生物。如果需要,還應附有抗菌素耐藥性分析。使用直接RNA或cDNA方法對全長轉(zhuǎn)錄本進行測序,以進行準確的基因表達和轉(zhuǎn)錄本亞型分析。

 
  • 通過長讀和超長讀來簡化從頭組裝并校正參考基因組
  • 解決結構變化和重復區(qū)域
  • 測序和定量全長轉(zhuǎn)錄本,以進行明確的基因表達和亞型分析
  • 通過直接測序消除偏倚并鑒定表觀遺傳修飾
  • 實時獲取結果,包括物種識別
  • 使用Flongle,MinION,GridION或PromethION擴展到您的需求

 

 

全面分析微生物基因組(DNA或RNA)。準確定位重復區(qū)域和結構變異,并使用長測序讀數(shù)將質(zhì)粒與基因組區(qū)分開。簡化從頭組裝并更正現(xiàn)有的參考基因組??蓴U展以適應您從工作臺到現(xiàn)場的需求。

  • 準確解析具有挑戰(zhàn)性的基因組區(qū)域(結構變異和重復) 
  • 簡化從頭組裝和正確的參考基因組,長讀
  • 使用全基因組,靶向和多路復用方法
  • 無需PCR的直接DNA和RNA測序消除了偏倚
  • 通過實時數(shù)據(jù)流獲得即時結果
  • 可擴展以滿足您的需求-1.8 Gb Flongle;30 Gb MinION;150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48

 

 

實時準確識別微生物和相關的抗藥性(AMR)。Oxford Nanopore提供了完整的解決方案-從快速的10分鐘文庫制備(DNA)到使用EPI2ME平臺的實時系統(tǒng)發(fā)育和AMR分析。使用宏基因組或靶向16S rRNA方法。使用便攜式MinION或臺式GridION或PromethION設備在樣品源處或?qū)嶒炇抑羞M行測序。

  • 實時識別微生物和AMR,并通過長時間閱讀來區(qū)分密切相關的菌株
  • 快速的全基因組或靶向(例如16S)方法簡化了工作流程
  • 使用便攜式MinION和Flongle在樣品源處進行測序
  • 多重樣品獲得更具成本效益的結果
  • 可擴展以滿足您的需求-1.8 Gb Flongle;30 Gb MinION;150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48

 

使用全長納米孔測序讀數(shù),解析轉(zhuǎn)錄本亞型并測量真實的基因表達譜。低投入量與快速,簡化的工作流程相結合,可進行高度敏感的基因表達分析

  • 測序完整的全長轉(zhuǎn)錄本,以明確鑒定轉(zhuǎn)錄本亞型
  • 準確定量同工型以進行敏感的基因表達分析
  • 使用直接cDNA或直接RNA測序消除PCR偏倚
  • 輕松識別反義轉(zhuǎn)錄本和lncRNA亞型
  • 新增功能:使用更新的RNA和cDNA測序試劑盒,只需較少的投入即可獲得更高的產(chǎn)量

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微生物表現(xiàn)出許多類型的堿基修飾,可影響一系列功能,包括基因表達和抗菌素耐藥性。與基于替代測序的分析方法不同,納米孔測序不需要擴增或鏈合成,可以減少偏差并保留修飾的堿基信息,這些信息可以與核苷酸序列一起直接檢測到-無需額外的樣品轉(zhuǎn)換。 

  • 在一次測定中鑒定修飾的堿基和核苷酸序列
  • 將基本修改記錄為標準-準備就緒時進行分析
  • 使用無PCR的全基因組,全轉(zhuǎn)錄組或靶向測序方法
  • 使用核苷酸類似物探索基因組復制
  • 快速的10分鐘文庫制備(DNA)-不需要亞硫酸氫鹽或化學轉(zhuǎn)化
  • 使用越來越多的工具來分析數(shù)據(jù)

 

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